„Natura 2000“ – Europos Bendrijos svarbos saugomų teritorijų tinklas Europos Sąjungos šalyse, skirtas saugoti ir atkurti nykstančias Europos Bendrijos svarbos buveines ir rūšis. Tinklas kuriamas biogeografinių regionų pagrindu. Lietuva patenka į borealinį regioną  kartu su kitomis Baltijos valstybėmis.

Suintensyvėjus žemės naudojimui visoje Europoje kilo grėsmė natūralioms buveinėms, sumažėjo daugelio rūšių populiacijų. Tai prasidėjo daugiau nei prieš 100 metų ir tęsiasi iki šiol. Šiuo metu akivaizdžiai pastebima, kad natūralių buveinių lieka vis mažiau. Anksčiau buvusios gausios gyvūnų populiacijos šiandien sparčiai nyksta, o kai kurioms rūšims kilęs pavojus visiškai išnykti. Iš 10 000 ES esančių augalų rūšių, 3000 yra nykstančios, o 27 rūšims gresia išnykimas.

Teisinis „Natura 2000“ pagrindas yra dvi ES gamtos apsaugos direktyvos – Paukščių ir Buveinių. Buveinių apsaugai svarbios teritorijos (BAST) steigiamos remiantis Buveinių direktyvos I ir II priedais bei kriterijais. Paukščių apsaugai svarbios teritorijos (PAST) steigiamos remiantis Paukščių direktyvos I priedu, o paukščių rūšys nurodytos šiame priede yra pagrindinis kriterijus. Remiantis Paukščių ir Buveinių direktyvomis, ES gamtos apsaugos politika užtikrina efektyvią unikalios biologinės įvairovės apsaugą visoje Europoje. Taip pat užtikrina, kad visos ES šalys turi tuos pačius teisinius įsipareigojimus saugant teritorijas, įtrauktas į „Natura 2000“ tinklą.

• Nevėžio ir Kiršino upių santaka (LTPAN0002) – 7 ha. Saugomos buveinės: (6510) šienaujamos mezofitų pievos;
• Nevėžio upės slėnis ties Vadaktėliais (LTPAN0003) – 79 ha. Saugomos buveinės: (6430)  eutrofiniai aukštieji žolynai,  (6530) miškapievės, (9070) medžiais apaugusios ganyklos;
• Gringalių miškas (LTPAN0004) – 479 ha. Saugomos baltmargės šaškytės, niūraspalvio auksavabalio ir  didžiojo auksinuko buveinės;
• Pašilių pelkė (LTPAN0005) – 336 ha. Saugomos auksuotosios šaškytės ir žvilgančiosios riestūnės buveinės;
• Nevėžio upės slėnis ties Vadaktėliais II (LTPAN0010) – 32 ha. Saugomos buveinės: (6120) karbonatinių smėlynų smiltpievės, (6210) stepinės pievos, (6430) eutrofiniai aukštieji žolynai, (6450), aliuvinės pievos, (6510) šienaujamos mezofitų pievos;
• Nevėžio slėnis ties Dembava (LTPAN0011) – 18 ha. Saugomos buveinės: (6210) stepinės pievos, (6410) melvenynai, (6430) eutrofiniai aukštieji žolynai, (6450) aliuvinės pievos, (6510) šienaujamos mezofitų pievos;
• Nevėžio vidurupio slėnis (LTPAN0012) – 320 ha. Saugomos buveinės: (3270) dumblingos upių pakrantės, (6120) karbonatinių smėlynų smiltpievės, (6210) stepinės pievos, (6410) melvenynai, (6430) eutrofiniai aukštieji žolynai, (6450) aliuvinės pievos, (6510) šienaujamos mezofitų pievos), (9070) medžiais apaugusios ganyklos, ir ūdros buveinės;
• Bakainiai (LTKED0009) – 31 ha. Saugomos buveinės: (6210) stepinės pievos, (9180) griovių ir šlaitų miškai, (91E) aliuviniai miškai;

Krekenavos regioniniam parkui priskirtos Europos ekologinio tinklo „Natura 2000“ teritorijos:

Paukščių apsaugai svarbios teritorijos(PAST):

• Žalioji giria (LTPANB001) – 14172,62 ha. Teritorija atrinkta išlaikyti juodojo gandro, vapsvaėdžio, žvirblinės  pelėdos perinčias populiacijas;
• Lančiūnavos miškas (LTKEDB002) – 5221,87 ha. Teritorija atrinkta išlaikyti mažojo erelio rėksnio, pilkosios meletos, vidutinio genio ir baltnugario genio perinčias populiacijas.

Buveinių apsaugai svarbios teritorijos (BAST):

• Viliukų miško biosferos poligonas (LTUKM0008) – 909 ha. Saugomos buveinės: (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai, (9080) Pelkėti lapuočių miškai, baltmargės šaškytės, didžiojo auksinuko, purpurinio plokščiavabalio buveinės;

• Žalioji giria (LTPAN0006) – 33870 ha. Saugomos lūšies ir didžiojo auksinuko buveinės;
• Naudvario miškas (LTPAN0001) – 68 ha. Saugomos buveinės: (6230) Rūšių turtingi briedgaurynai, (9020) plačialapių ir mišrūs  miškai, bei plačialapės klumpaitės ir stačiosios dirvuolės buveinės; 
• Dvariškių kaimo apylinkės (LTKED0002) – 385 ha. Saugomos buveinės: (6230) Rūšių turtingi briedgaurynai, (6410) Melvenynai, (6430) Eutrofiniai aukštieji žolynai, (7230) Šarmingos žemapelkės, (9080) Pelkėti lapuočių miškai;
•  Nevėžio upės slėnis ties Šventybrasčiu (LTKED0003) – 10 ha. Saugomos buveinės: (9070) Medžiais apaugusios ganyklos;
• Rūneikių miškas (LTKED0005) – 57 ha. Saugomos buveinės: (7230) Šarmingos žemapelkės, (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai;
• Skilvionių miškas (LTPAN0008) – 48 ha. Saugomos plačialapės klumpaitės buveinės;
• Ilgatrakio miškas (LTKED0012) – 186 ha. Saugomos buveinės: (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai, (9070) Medžiais apaugusios ganyklos, (9080) Pelkėti lapuočių miškai, (91E0) Aliuviniai miškai;
• Barupės slėniai (LTKED0021) – 31 ha. Saugomos kraujalakinio melsvio buveinės;
• Kurklių miškas (LTRAD0005) – 224 ha. Saugomos buveinės: (9060) Spygliuočių miškai ant fluvioglacialinių ozų;
• Šilo miškas (LTJOA0005) – 195 ha. Saugomos buveinės: (9060) Spygliuočių miškai ant fluvioglacialinių ozų;
• Didelis miškas (LTJOA0007) – 9,6 ha. Saugomos buveinės: (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai;
• Glaušių kaimo apylinkės (LTKED0026) – 193,1 ha. Saugomos buveinės: (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai, (9080) Pelkėti lapuočių miškai;
• Kalnaberžės miškas (LTKED0023) – 11,5 ha. Saugomos buveinės: (9020) Plačialapių ir mišrūs miškai;
• Skaistės pelkė (LTKED0024) – 104,5 ha. Saugomos buveinės: (9080) Pelkėti lapuočių miškai;
• Lieležerio ir Pašilių ežero kompleksas (LTPAN0013) – 64,1 ha. Saugomos buveinės: (3150) Natūralūs eutrofiniai ežerai su plūdžių arba aštrių bendrijomis; (9080) Pelkėti lapuočių miškai, (7140) Tarpinės pelkės ir liūnai, (91D0) Pelkiniai miškai.

Krekenavos regioniniam parkui priskirtose „Natura 2000“ teritorijose pagal Valstybinę aplinkos monitoringo programą vykdoma šių rūšių stebėsena:

Žinduoliai:

Lūšis (Lynx lynx);

Paukščiai:

Mažasis erelis rėksnys (Aquila pomarina), juodasis gandras (Ciconia nigra), vapsvaėdis (Pernis apivorus), žvirblinė pelėda (Glaucidium passerinum), pilkoji meleta (Picus canus), vidutinysis margasis genys (Dendrocopos medius), baltnugaris genys (Dendrocopos leucotos);

Vabzdžiai:

Auksuotoji šaškytė (Euphydryas aurinia), baltmargė šaškytė (Euphydryas maturna), didysis auksinukas (Lycaena dispar), niūriaspalvis auksavabalis (Osmoderma eremita).